影片以清末广东佛山为背景，黄飞鸿（李连杰）以宝芝林为据点传授武术，倡导自强救国。面对清政府的腐败和洋人的欺压，他逐渐意识到仅凭武术难以救国。

　　影片以清末广州为背景，黄飞鸿（李连杰）与革命党领袖孙文（张铁林）相遇，共同对抗白莲教暴行和清廷重臣纳兰元述（甄子丹）的阴谋。

　　影片以晚清为背景，慈禧太后为宣扬国威举办“狮王争霸”大赛，黄飞鸿赴京参赛，同时揭露列强刺杀李鸿章的阴谋：

　　：京城恶霸赵天霸（熊欣欣饰）为夺“狮王”不择手段，收买鬼脚七打压对手，黄飞鸿独闯“三笑楼”破斧头阵，收服鬼脚七为徒。

　　：黄飞鸿发现英、法密谋在狮王大会上刺杀李鸿章，联合十三姨（关之琳饰）阻止刺杀行动。

　　：黄飞鸿最终击败赵天霸，夺得“中国狮王”称号，并借机向李鸿章谏言改革，强调“胜败不在擂台，而在民心”。

　　影片承接《狮王争霸》结局，黄飞鸿（赵文卓）夺魁后受邀迎战八国联军巨型赛狮，揭露列强侵略野心：

　　：八国联军以“赛狮”名义向清廷示威，黄飞鸿与八旗副都统瓜鄂尔·成都（陈继铭饰）联手应战，但瓜鄂尔孤军战死。

　　：梁宽（莫少聪）因闯祸被逐，联合鬼脚七（熊欣欣）求助十四姨（王静莹），卷入红灯照反洋暴动。

　　：黄飞鸿阻止红灯照滥杀洋人，与大师姐苗三娘（王菁华饰）被德军关押，后越狱救亲。

　　影片以清末八国联军侵华后的乱局为背景，黄飞鸿（赵文卓）率众南下番禺，卷入海盗与官府的冲突：

　　：黄飞鸿携父亲黄麒英（刘洵饰）、徒弟梁宽（莫少聪饰）等人南下，途中误闯南粤米仓盗粮事件，发现差役谢四（张铁林饰）为生计被迫偷粮。

　　：南海海盗单眼英、张保仔（熊欣欣饰）横行，劫掠百姓，黄飞鸿联合谢四及民间力量对抗海盗。

　　：黄飞鸿直捣海盗巢穴鳌头堡，与海盗首领张保仔展开生死决战，最终歼灭海盗势力。

　　：黄飞鸿携十三姨、鬼脚七赴旧金山探望徒弟牙擦苏，途中救下西部牛仔比利，却遭印第安人突袭，黄飞鸿为救十三姨坠河失忆。

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　　：黄飞鸿被印第安部落收留，逐渐恢复记忆，而十三姨等人被欺压华工的镇长栽赃抢劫银行，面临绞刑。

　　：黄飞鸿联合比利、鬼脚七等人大战西部匪帮，揭露镇长勾结马贼的阴谋，洗刷冤屈并守护华人尊严。

　　：义和拳余孽雷一笑（千总大人）勾结能仁寺僧人，以贩卖妇女牟利，并暗中对抗清廷 。

　　：黄飞鸿因徒弟梁宽、阿苏卷入事件，发现能仁寺藏匿被掳妇女，并遭雷一笑陷害入狱 。

　　：为解救因服用毒药失聪的孩童，黄飞鸿以身试药导致听力受损，最终联合民间力量捣毁邪教巢穴 。

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　　：黄飞鸿与雷一笑在能仁寺展开激战，以“铁鸡斗蜈蚣”招式破敌，揭露官匪勾结真相 。

　　影片以清末浙江为背景，围绕劫富济贫的蒙面侠士“铁猴子”与黄麒英父子的纠葛展开：

　　：大夫杨天淳夜间化身“铁猴子”劫官济贫，引发官府通缉，钦差衍空（少林叛徒）以暴力手段镇压民众 。

　　：黄麒英携子黄飞鸿北上途中，因路见不平显露武功，被官府胁迫追捕铁猴子，双方交手后识破彼此身份并联手 。

　　：黄麒英与铁猴子共同对抗衍空，揭露其少林叛徒身份，最终以少林功夫清理门户 。